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小鼠 ESC 分化单细胞数据复现:从 GSE65525 到多能性下降与早期分化状态
从 GSE65525 的 6 个 ESC 输入矩阵出发,将 d0 的技术重复嵌套到对应生物样本后汇总连续 pluripotency/differentiation program,并明确后续时间点缺少重复。
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Seq-Well PBMC/MTB 单细胞数据复现:从 GSE92495 到髓系反应图谱
核对 GSE92495 第一方元数据后,重做 4638 个单核细胞来源巨噬细胞的 M. tuberculosis 暴露分析,分开呈现作者 cluster、连续 macrophage/IFN/抗原呈递程序和重复边界。
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PBMC 68k 单细胞数据复现:从公开 10x 矩阵到大规模免疫参考图谱
从 10x Genomics 公开 fresh PBMC 68k filtered matrix 出发,复核 QC、Leiden 结构、连续免疫程序、同矩阵 marker 一致性和单 donor 数据的统计边界。
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小鼠视觉皮层单细胞图谱复现:从 GSE71585 到兴奋性、抑制性和胶质细胞分类
基于 Tasic et al. 公开小鼠视觉皮层单细胞数据 GSE71585,复现 1,749 个作者 QC 通过细胞的 broad type、primary type、marker、signature score 和聚类对照,重点解释 glutamatergic、GABAergic、astrocyte、oligodendrocyte、OPC、microglia 和 endothelial 结构。
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髓系祖细胞单细胞数据复现:从 GSE72857 到谱系承诺与连续状态
基于Paul et al. GSE72857公开UMI表,复核8,751个祖细胞中的连续谱系程序、分开marker一致性和8只小鼠的程序中位数,撤回硬标签组成与细胞级总体推断。
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人脑单细胞图谱复现:从 GSE67835 到神经元、胶质和血管细胞结构
基于 Darmanis et al. 公开人脑单细胞数据 GSE67835,复现 466 个人脑细胞的表达图谱,重点检查 neurons、astrocytes、oligodendrocytes、OPC、microglia、endothelial 以及 fetal-like/replicating 类群的 marker 支撑和复现边界。