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复现 Biase et al. 早期小鼠胚胎单细胞数据:从 GSE57249 到胚胎内转录差异
基于 Biase et al. GSE57249 公开 FPKM 矩阵,复现小鼠 zygote、2-cell、4-cell、ICM 和 TE 样本的阶段结构、marker 程序、blastomere 内差异和 processed matrix 复现边界。
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Haber 小肠上皮单细胞深度复现:从 GSE92332 到 Stem、TA、enterocyte 和分泌谱系
基于 Haber et al. 小肠上皮单细胞公开 UMI 矩阵,深度复核 7216 个细胞中的 Stem、TA、enterocyte、Goblet、Paneth、Tuft 和 Endocrine 谱系结构,并说明 UMAP、signature 和公开矩阵的解释边界。
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MacParland 人肝脏单细胞深度复现:从 GSE115469 到 hepatocyte、LSEC 和 Kupffer 边界
基于 MacParland et al. 人肝脏单细胞公开 processed expression matrix,深度复核 8444 个细胞中的肝细胞、LSEC/内皮、Kupffer/髓系、淋巴和星状细胞结构,并说明 processed matrix 不能替代空间生态位和机制实验。
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Puram 头颈鳞癌深度复现:从 GSE103322 到 p-EMT、CAF 和免疫耗竭边界
基于 Puram et al. 头颈鳞癌公开 processed matrix,深度复核 5902 个细胞中的 malignant、CAF、T cell、髓系和内皮结构,并解释 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia signature 的复现边界。
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Chung 乳腺癌单细胞深度复现:从 GSE75688 到肿瘤、免疫和基质细胞图谱
基于 Chung et al. 乳腺癌单细胞 RNA-seq 公开 processed TPM 矩阵,复现 515 个单细胞中的肿瘤、T/B 细胞、髓系和基质结构,并说明公开矩阵层面的复现边界。
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Villani 血液 DC/monocyte 深度复现:FACS gate 与连续表达程序
基于 Villani et al. GSE94820 两个公开表达矩阵,比较 FACS gate 与 set 层面的连续程序、观察细胞数和同矩阵分离 marker 一致性,明确 donor 缺失时的解释边界。