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已发布的全部公开笔记。

• 复现 Gokce et al. 小鼠纹状体单细胞分类：从 GSE82187 到神经元、胶质和采样协议边界

  2026年7月3日

  基于 Gokce et al. GSE82187 公开 log10 CPM 矩阵，复现小鼠纹状体 Neuron、Astro、Oligo、OPC、Microglia、Vascular 等细胞类型结构，并解释 protocol、marker 和 taxonomy 层级边界。

• 复现 Biase et al. 早期小鼠胚胎单细胞数据：从 GSE57249 到胚胎内转录差异

  2026年7月2日

  基于 Biase et al. GSE57249 公开 FPKM 矩阵，复现小鼠 zygote、2-cell、4-cell、ICM 和 TE 样本的阶段结构、marker 程序、blastomere 内差异和 processed matrix 复现边界。

• Haber 小肠上皮单细胞深度复现：从 GSE92332 到 Stem、TA、enterocyte 和分泌谱系

  2026年7月1日

  基于 Haber et al. 小肠上皮单细胞公开 UMI 矩阵，深度复核 7216 个细胞中的 Stem、TA、enterocyte、Goblet、Paneth、Tuft 和 Endocrine 谱系结构，并说明 UMAP、signature 和公开矩阵的解释边界。

• MacParland 人肝脏单细胞深度复现：从 GSE115469 到 hepatocyte、LSEC 和 Kupffer 边界

  2026年6月30日

  基于 MacParland et al. 人肝脏单细胞公开 processed expression matrix，深度复核 8444 个细胞中的肝细胞、LSEC/内皮、Kupffer/髓系、淋巴和星状细胞结构，并说明 processed matrix 不能替代空间生态位和机制实验。

• Puram 头颈鳞癌深度复现：从 GSE103322 到 p-EMT、CAF 和免疫耗竭边界

  2026年6月29日

  基于 Puram et al. 头颈鳞癌公开 processed matrix，深度复核 5902 个细胞中的 malignant、CAF、T cell、髓系和内皮结构，并解释 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia signature 的复现边界。

• Chung 乳腺癌单细胞深度复现：从 GSE75688 到肿瘤、免疫和基质细胞图谱

  2026年6月28日

  基于 Chung et al. 乳腺癌单细胞 RNA-seq 公开 processed TPM 矩阵，复现 515 个单细胞中的肿瘤、T/B 细胞、髓系和基质结构，并说明公开矩阵层面的复现边界。