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已发布的全部公开笔记。

• 复现 Yan et al. 人早期胚胎单细胞数据：从 GSE36552 到阶段结构和 processed RPKM 边界

  2026年7月9日

  基于 Yan et al. GSE36552 公开 per-cell expression.txt.gz RPKM 文件，复现人早期胚胎和 hESC 的阶段结构、marker 趋势、blastocyst lineage score 线索和 processed matrix 解释边界。

• 复现 Campbell et al. 下丘脑 Arc-ME 单细胞图谱：从 GSE93374 到神经内分泌细胞注释边界

  2026年7月8日

  基于 Campbell et al. GSE93374 公开 Arc-ME Drop-seq DGE 矩阵和细胞 metadata，复现下丘脑弓状核/正中隆起细胞图谱、神经肽 marker、tanycyte/胶质/血管注释证据和解释边界。

• 复现 Montoro et al. 气道 ionocyte 单细胞数据：从 GSE103354 到 CFTR/Foxi1 稀有上皮群体注释证据

  2026年7月7日

  基于 Montoro et al. GSE103354 公开 droplet UMI 和 full-length TPM 矩阵，复现气道上皮 CFTR/Foxi1 ionocyte 稀有细胞注释、marker 组合和解释边界。

• 复现 Nestorowa et al. HSPC 分化单细胞图谱：从 GSE81682 到谱系相关表达梯度

  2026年7月6日

  基于 Nestorowa et al. GSE81682 公开 HTSeq counts 矩阵，复现小鼠 HSPC 分化图谱中的 FACS 富集、lineage marker、signature 倾向和非离散性分化边界。

• 复现 Shalek et al. 树突状细胞 LPS 响应数据：从 GSE48968 到炎症/IFN 程序和细胞间异质性

  2026年7月5日

  基于 Shalek et al. GSE48968 公开 allgenes TPM 矩阵，复现树突状细胞 LPS 时间响应中的炎症/NFkB、IFN/ISG、响应状态和扰动组表达边界。

• 复现 Darmanis et al. GBM 迁移前沿单细胞数据：从 GSE84465 到肿瘤浸润边界和微环境信号

  2026年7月4日

  基于 Darmanis et al. GSE84465 公开 read-count 矩阵，复现 3,589 个 GBM 肿瘤及迁移前沿相关单细胞的 cell type、neoplastic status、tissue label、marker program 和复现边界。