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已发布的全部公开笔记。
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复现 Zheng/10x PBMC 68k 单细胞数据:大规模免疫结构与连续程序
从 10x Genomics 公开 fresh PBMC 68k filtered matrix 出发,复核 QC、Leiden 结构、连续免疫程序、同矩阵 marker 一致性和单 donor 数据的统计边界。
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复现 Tasic et al. 小鼠视觉皮层单细胞图谱:从 GSE71585 到兴奋性、抑制性和胶质细胞分类
基于 Tasic et al. 公开小鼠视觉皮层单细胞数据 GSE71585,复现 1,749 个作者 QC 通过细胞的 broad type、primary type、marker、signature score 和聚类对照,重点解释 glutamatergic、GABAergic、astrocyte、oligodendrocyte、OPC、microglia 和 endothelial 结构。
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复现Paul et al.髓系祖细胞数据:连续谱系程序与小鼠级审计
基于Paul et al. GSE72857公开UMI表,复核8,751个祖细胞中的连续谱系程序、分开marker一致性和8只小鼠的程序中位数,撤回硬标签组成与细胞级总体推断。
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复现 Darmanis et al. 人脑单细胞图谱:从 GSE67835 到神经元、胶质和血管细胞谱系
基于 Darmanis et al. 公开人脑单细胞数据 GSE67835,复现 466 个人脑细胞的表达图谱,重点检查 neurons、astrocytes、oligodendrocytes、OPC、microglia、endothelial 以及 fetal-like/replicating 类群的 marker 支撑和复现边界。
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复现 Xin et al. 人胰岛 T2D 单细胞数据:从 GSE81608 到 alpha、beta、delta 和 PP 细胞图谱
基于 Xin et al. 2016 Cell Metabolism 公开人胰岛单细胞数据 GSE81608,复现 1600 个 RPKM 样本中的 alpha、beta、delta 和 PP 细胞结构,结合 non-diabetic 与 T2D metadata、marker、signature 和 beta cell 状态分数解释复现边界。
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复现 Aizarani et al. 人肝脏单细胞图谱:从 GSE124395 到 hepatocyte、endothelial 和免疫微环境
基于 GSE124395 的 12622 个细胞,分开呈现作者数字 cluster、无监督结构、连续肝脏 marker program、独立留出 marker 和样本来源边界,不再把最高分程序强制写成细胞身份比例。