标签: GEO
包含该标签的所有文章 "GEO".
-
复现 Xin et al. 人胰岛 T2D 单细胞数据:从 GSE81608 到 alpha、beta、delta 和 PP 细胞图谱
基于 Xin et al. 2016 Cell Metabolism 公开人胰岛单细胞数据 GSE81608,复现 1600 个 RPKM 样本中的 alpha、beta、delta 和 PP 细胞结构,结合 non-diabetic 与 T2D metadata、marker、signature 和 beta cell 状态分数解释复现边界。
-
复现 Aizarani et al. 人肝脏单细胞图谱:从 GSE124395 到 hepatocyte、endothelial 和免疫微环境
基于 GSE124395 的 12622 个细胞,分开呈现作者数字 cluster、无监督结构、连续肝脏 marker program、独立留出 marker 和样本来源边界,不再把最高分程序强制写成细胞身份比例。
-
复现 Baron et al. 人胰腺单细胞图谱:从 GSE84133 到 alpha、beta、ductal 和 acinar 细胞结构
基于 Baron et al. 经典人胰腺单细胞数据 GSE84133,复现 4 个 human donor、8569 个细胞和 20125 个基因的胰腺细胞图谱,重点解释 alpha、beta、delta、gamma、acinar、ductal、stellate、endothelial 和免疫细胞的 marker 证据、组成差异与复现边界。
-
复现 Habermann et al. 肺纤维化单细胞图谱:从 GSE135893 到 IPF 上皮损伤和纤维化微环境
基于 Habermann et al. 公开肺纤维化单细胞数据 GSE135893,围绕 11.4 万个已注释细胞复现 IPF、ILD 与对照肺组织中的 epithelial、immune、endothelial 和 mesenchymal 图谱,重点解释 AT2、KRT5-/KRT17+、MUC5B+、macrophage、myofibroblast 和纤维化 ECM 信号。
-
复现 Macosko et al. 经典 Drop-seq 视网膜数据:从 GSE63472 到 P14 retina 细胞图谱
从 GSE63472 processed logDGE 中固定抽取 8000 个细胞,按 GEO 的 7 个实验样本和 4 个采集日整理连续视网膜 program,并撤掉最高分身份比例。
-
复现 MacParland et al. 人肝脏单细胞图谱:从 GSE115469 到肝细胞、LSEC 和 Kupffer 细胞结构
基于 MacParland et al. 2018 Nature Communications 人肝脏单细胞数据 GSE115469,复现 8444 个细胞的 hepatocyte、LSEC、portal endothelial、cholangiocyte、macrophage、T/NK/B/plasma 等图谱,并检查肝细胞、内皮和 Kupffer/髓系相关 marker。